La isla de Ellis ha tenido tantos nombres diferentes como funciones distintas a lo largo de su historia. Las tribus indias locales se referían a ella, en los primeros datos que hay sobre el lugar, como ” Kioshk” o “Gull Island”. Más tarde, durante la etapa de colonización, pasó a conocerse como la “Isla de la Ostra” (”Ostery Island”). Su nomenclatura actual, se remonta por tanto a la década de 1770, cuando Samuel Ellis se convirtió en su propietario.
En el año 1808 el Gobierno Federal compró la isla para destinarla fundamentalmente a usos militares durante varios años. Sobre todo, el ejercito americano la utilizó durante la guerra de 1812 contra los ingleses, cuando fue convertida en fuerte para repeler desde allí al enemigo y defender Nueva York.
Posteriormente, paso a disposición del presidente Benjamin Harrison (1890) y Ellis se convirtió en la principal aduana de la ciudad. Durante su uso como aduana, aproximadamente unos 12 millones de pasajeros, que llegaban a los Estados Unidos a través del puerto de la capital del mundo, fueron inspeccionados allí, tanto legal como médicamente.
Durante el transcurso de la Primera Guerra Mundial, la cantidad de entrada de población inmigrante disminuyó bastante. En este momento, además, el recinto se utiliza también como lugar de reclusión de aquellos extranjeros considerados como enemigos o sospechosos. A los pocos años, cuando se regula el sistema de inmigración, la isla pierde esa función y es abandonada.
Actualmente, la isla de Ellis sigue siendo propiedad federal de los Estados de Nueva York y Nueva Jersey, y su uso no es otro que el turismo. Hoy en día más de 100 millones de personas visitan al año el que es uno de los rincones con más historia de la ciudad. El edificio principal es el único que está abierto al público de las más de 30 construcciones que hay en la isla. El Inmigration Museum, uno de los más interesantes de la ciudad, está dedicado a la memoria aquellos inmigrantes de tercera clase que pasaron por este lugar durante el proceso de inmigración masiva de los siglos XIX y XX.
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